Witraże w środkowym oknie chóru
Na dwóch górnych panelach witrażowych dominuje obraz przedstawiający postać Matki Bożej Niepokalanie Poczętej w stroju japońskim. Z Jej rąk spływają ukośnie promienie obejmujące oba boczne okna, przenikając poprzez pejzaże i sceny ukrzyżowań, chcą jakby objąć całą Japonię. Przyglądając się uważnie obrazom okien bocznych chóru dostrzegamy morze, skały, wzgórza, pola, roślinność i niebo z chmurami, które przywołują pejzaż japoński.
Drugi obraz, na trzecim od góry panelu witrażowym, przedstawia ukrzyżowanych w polach zbóż na wzgórzach Yashiko. Na pierwszym planie Matka Boża ukazuje umierającym Dzieciątko. Ponad polami dominuje góra Fuji na tle nieba z delikatnymi chmurami.
Panele witrażowe podwójne, w drugim rzędzie od dołu okna przedstawiają męczeństwo:
- panel lewy księdza Kibe Piotra Kazui, ukrzyżowanego głową w dół w Tokio (Edo) 1638 roku. )
- panel witrażowy prawy Tekury Hashimoto z dziećmi, żony jednego z pierwszych chrześcijan Tabei Joan Hashimoto, Kioto 1619.
Panele witrażowe podwójne, w dolnym rzędzie przedstawiają świątobliwe kobiety:
- panel lewy - szczęśliwą Izabelę z synkiem Ignacym
- panel prawy - Galasię Hosokawę
Lub przejście bezpośrednie do pozostałych okien:
Okno 1 - Wierzę w Boga Ojca Wszechmogącego (Teofania Imienia Boga),
Okno 2 - Wierzę w Boga, Stworzyciela Nieba i Ziemi i wszystkich Bytów widzialnych i niewidzialnych,
Okno 3 - Wierzę w Jednego Pana Jezusa Chrystusa, Syna Bożego Jednorodzonego /.../ On to dla nas ludzi i dla naszego zbawienia zstąpił z Nieba,
Okno 4 - Imiona drugiej Osoby Trójcy Świętej,
Okno 5 - Wierzę w Jezusa Chrystusa ,
Okno 6 - Wierzę w Jezusa Chrystusa, który narodził się z Maryi Panny i stał się człowiekiem,
Okno 7 - Jezus Chrystus umęczon pod Ponckim Piłatem, ukrzyżowan, umarł i pogrzebion,
Okno 8 - Zstąpił do piekieł, trzeciego dnia Zmartwychwstał ,
Okno 9 - Wstąpił do Niebios, stamtąd przyjdzie sądzić żywych i umarłych,
Okno 10 - Wierzę w Ducha Świętego, Pana i Ożywiciela,
Okno 11 - Wierzę w Święty Kościół Powszechny,
Okno 12 - Wierzę w grzechów odpuszczenie - wyznaję jeden Chrzest na odpuszczenie grzechów,
Okno 13 - Wierzę w ciała zmartwychwstanie i oczekuję wskrzeszenia umarłych,
Okno 14 - Wierzę w żywot wieczny, Amen,
Okno na chórze lewe - Męczeństwo chrześcijan w Japonii,
Okno na chórze prawe - Męczeństwo chrześcijan w Japonii,