Witraże kościoła tworząc jednolitą kompozycję są jednocześnie bardzo zróżnicowane.
Obok okien zawierających jedynie motywy graficzne (rozeta), są też tematyczne poświęcone postaciom Jana Chrzciciela, Papieża Jana Pawła II, Błogosławionego Honorata Koźmińskiego. Są też okna ze sceną Zwiastowania czy Zesłania Ducha Świętego.